Podstawą oszacowania szkód jest (jak to miało miejsce od 2020 roku) złożenie wniosku za pośrednictwem aplikacji „Zgłoś szkodę rolniczą”, która dokona oceny strat na podstawie danych Instytutu Uprawy, Nawożenia i Gleboznawstwa – Państwowego Instytutu Badawczego. Aplikacja automatycznie generuje protokół oszacowania szkód (gdy szkody wynoszą powyżej 30% średniej rocznej produkcji rolnej) lub kalkulację oszacowania szkód (gdy szkody wynoszą nie więcej niż 30% średniej rocznej produkcji rolnej). W przypadku uwag do wyników oszacowania strat przez aplikację rolnik może zwrócić się o dodatkowe szacowanie szkód przez komisję gminną, która dokona oceny strat podczas wizji w terenie. Wówczas powinien złożyć wniosek (druk w załączeniu) w sekretariacie urzędu w terminie umożliwiającym ich oszacowanie (przed zbiorem uprawy). Wnioski będą przyjmowane do ..
Zaznaczyć należy, że wniosek złożony o oszacowanie szkód tylko przez komisję gminną, nie pozwoli na otrzymanie wsparcia – musi być zgłoszenie w aplikacji. Natomiast jeśli rolnik nie zgłosi wniosku do gminy, a złoży wniosek w aplikacji otrzyma protokół.
